阿托品眼药水是一种散大瞳孔的眼药水，而毛果芸香碱是缩小瞳孔的眼药水。因为这两种眼药水的作用相反，所以治疗疾病也就不同。而且在临床使用的过程当中，一定要小心使用。阿托品眼药水，一般使用于小孩子的屈光不正的散瞳验光，或者是用于治疗葡萄膜炎，恶性青光眼等等，而毛果芸香碱一般还是用于青光眼的治疗，通常适于闭角型青光眼。