乳腺囊性增生病主要是对症治疗，绝大多数病人不需要外科手术治疗，一般首选中药或中成药调理，包括疏肝理气，调和冲任，软坚散结及调整卵巢功能。目前维生素类药物常为本病治疗的辅助用药，根据病情特点不同，也可选用激素类药物联合治疗。另可结合调剂情绪和心情，定期随访。一般采用药物治疗可缓解症状，但部分患者症状改善不明显，可采用手术治疗。
一、一般治疗
乳腺囊性增生病的发生往往与劳累、生活不规律、精神紧张、压力过重有关。治疗乳腺性增生病首先就是要舒缓生活和工作压力、消除烦恼、心情舒畅、心态平和，症状多可缓解。用乳罩托起乳房，可缓解疼痛。
二、药物治疗
1、维生素E：可升高促性腺激素，并可抑制细胞间变，对乳腺囊性增生病有一定疗效。用药2周为1个疗程。本品通常耐受良好，但大剂量使用可致腹泻、腹痛和其他胃肠道功能紊乱，有时也可引起疲劳、乏力。
2、甲睾酮和丙酸睾酮系雄激素药物：通过对抗雌激素而发挥治疗作用，一般于经前14天开始应用，月经来潮后停用。本品可引起女性男性化，并有肝损害、水钠潴留、高血钙等不良反应，故一般仅用于疼痛较重，其他疗法不能缓解者。对妊娠期和哺乳期妇女禁用，冠心病、心衰、水肿，严重肝、肾功能损害者慎用。
3、甲羟孕酮：可通过对下丘脑的负反馈，抑制垂体前叶黄体生成素分泌，使卵泡不能发育成熟，抑制卵巢的排卵功能。月经周期第15天开始应用，连用5~10天或至月经来潮，疗程不少于6个月。常见的不良反应有食欲不振、痤疮、水钠潴留、精神压抑及月经失调。对心血管疾病，肝、肾功能损害、糖尿病、哮喘病、癫痫，原因不明的阴道出血及有血栓病史者禁用，有精神抑郁史者慎用。
4、溴隐停：是多巴胺受体激活剂，作用于垂体催乳细胞上的多巴胺受体，抑制催乳素的合成与释放。同时减少催乳素对尿促卵泡素的拮抗，促进排卵恢复，调整激素平衡。还能恢复乳腺对激素受体的控制。该药不宜长时间应用，否则容易出现不良反应。不良反应主要为头晕、胃肠道刺激、幻觉、运动障碍，停药后疾病容易复发。
5、他莫昔芬：能直接与靶器官争夺受体而阻断雌激素的作用，对乳腺囊性增生病有一定的治疗作用。月经后2~5天开始服用，服药15~20天停药，持续2~3个月。不良反应为刺激肠道，出现恶心、呕吐、腹泻的症状。
三、手术治疗
1、乳房肿块切除术：将绝经前女性出现的乳房包块如慢性囊性增生病、纤维腺瘤等通过手术方式切除，防止包块变大、发生病变。
2、乳房区段切除术：适用于乳晕下肿块，并伴有乳腺导管周围炎的患者。手术时，应将该区域所属的较大的导管和肿块周围的组织，从乳头开始一并切除，以避免在手术后形成乳晕下囊肿，乳腺瘘管和乳头溢液。
3、超声引导下乳腺肿块微创旋切术：该术式适用于肿块小于3cm。
4、乳房皮下腺体切除术：适用于某些广泛或多发的良性病变，或尚未恶变的良性病变，男性乳腺肥大，乳腺巨大良性肿瘤、多发性乳腺纤维腺瘤.乳腺囊肿或囊性增生症、乳腺弥漫性重度增生或癌前病变等，经保守治疗无效或复发，不能坚持服药者。
四、其他治疗
1、肝郁气滞：
（1）证候：情绪郁闷、心烦善怒、两侧乳房刺痛或肿痛、乳房肿块随情志波动而增大或缩小、兼有胸闷嗳气、失眠多梦、舌质淡红、苔薄白、脉细涩。
（2）治法：疏肝理气、和胃化痰。
（3）主方：紫菜粥。
（4）原料：干紫菜、猪肉末、食盐、味精、葱花、胡椒粉、麻油、粳米。
2、肝郁化火：
（1）证候：形体消瘦、午后潮热、精神不振、虚烦不寐、多梦或有头晕、易于激怒、口干、月经周期紊乱、乳房结块胀痛而感灼热。舌边尖红、苔少或薄黄、脉细弦数。
（2）治法：理气清肝，化痰软坚。
（3）主方：海带陈皮肉丝汤。
（4）原料：海带、猪瘦肉、白萝卜、陈皮、食盐、味精、酱油、花椒水、葱、姜、蒜适量。