由于人的扁桃体隐窝可能存在有某些病原菌，在人体抵抗力下降的时候有大量病原菌繁殖，并且入侵到扁桃体内而出现炎症反应，基本的病因有免疫力、抵抗力下降，细菌或者病毒进入口腔出现感染和发炎。
常见的致病菌为细菌感染或者病毒感染，甚至可以出现细菌和病毒的混合感染。沙眼衣原体、肺炎衣原体也可以引起感染。
其诱发因素有环境因素、气温降低、季节交替，有时有害气体的刺激也是病因之一。
另外还有个人因素，如烟酒过度、过度劳累、上呼吸道感染，以及有慢性病灶、慢性疾病者也可以诱发急性扁桃体炎。