克罗恩病是炎症性肠病的一种，炎症性肠病是一类多种病因引起的异常免疫介导肠道慢性及复发性炎症，有终生复发倾向。病因和发病机制是由环境、遗传、感染和免疫多因素相互作用所致，具体如下：
第一、环境，饮食、吸烟、卫生条件、生活方式或暴露于某些不明因素，都是可能的环境因素。
第二、遗传，炎症性肠病发病具有遗传倾向，炎症性肠病患者一级亲属发病率显著高于普通人群，而患者配偶的发病率不增加。
第三、感染，多种微生物参与炎症性肠病的发生与发展。
第四、免疫，持续的天然免疫反应及TH1细胞异常激活等，释放出各种炎症介质及免疫调节因子，参与了肠黏膜屏障的免疫损伤。
因此，炎症性肠病的发病机制，可概括为环境因素作用于遗传易感者，在肠道菌群的参与下，启动了难以停止发作与缓解交替的肠道天然免疫及获得性免疫反应，导致肠黏膜屏障损伤、溃疡经久不愈、炎性增生等病理改变。