细菌性痢疾的并发症比较少见，通常包括痢疾杆菌菌血症、溶血性尿毒症综合征、反应性关节炎、赖特（Reiter）综合症、血栓性血小板减少性紫癜等，其他疾病并不包括在内。痢疾杆菌菌血症多数由A群菌引起，常见于一岁以下儿童，主要表现为持续高热、腹痛、腹泻、排水样带粘液便或血便、或粘液血便，患儿可有脱水等现象。溶血性尿毒症综合征主要表现是，在急性菌痢病程中，有急性溶血性贫血，少尿、甚至无尿、尿素氮等急骤升高、血小板减少等表现，此并发症病死率较高。