肛瘘手术要住院多久还是需要看选择的手术方式及术后的愈合情况来定。肛瘘简单的可以分为高位肛瘘、低位肛瘘。低位肛瘘大多数是采取肛瘘切开术，手术原理是把异常瘘道切开，然后让其慢慢生长，修复肛门瘘道。采取肛瘘切开术一般需要住院一周到二周左右，而且出院后还有可能需要换药一个到三个月左右，另外高位肛瘘如果采取的挂线手术，那住院的时间还会长一些。