多囊肾血尿主要避免剧烈运动，若尿常规提示有白细胞尿，患者有发热、腰痛、尿频、尿急、尿痛等感染指征，可给予中段尿培养，并积极抗感染治疗，肉眼血尿持续时间长，经积极治疗肉眼血尿可以消失。
镜下血尿难以消失并易复发。多囊肾是一种遗传性疾病，多有家族病史，可以出现血尿、高血压、肾功能下降。目前多囊肾无特效药物治疗，主要是控制血压、减少蛋白尿，选用保护肾功能、减少蛋白尿的降压药。
如血管紧张素转化酶抑制剂或血管紧张素受体阻滞剂，避免肾毒性药物的应用，保护残余肾功能，延缓肾功能进展。
一旦出现肾功能下降，出现慢性肾衰竭，呈慢性、进行性进展，直至肾衰竭的终末期，即尿毒症期，需要肾脏替代治疗。