肛周湿疹的治疗，最重要的一点是先请患者去肛肠外科会诊，看看患者是否存在肛瘘、痔疮这样的肛肠的炎症性疾病。因为很多的肛周湿疹都是因为患者有肛肠疾病继发产生的，如果只在皮肤科一味治疗而不解决这些问题是没有效果的。
当排除了这些问题或者这些病已经得到很好的控制的情况下，在皮肤科可以给病人西药或者中药坐浴，比如每天用3%的硼酸溶液坐浴或者用中药，像茵陈、苦参洗剂这样的坐浴，效果也都是不错的。坐浴以后如果症状还不能得到很好的缓解，在坐浴结束以后擦干局部，而不能使这个地方是潮湿的，擦干局部以后，抹含有中低剂量的糖皮质激素药膏也是可以的。