鼠疫的首选药物是链霉素，链霉素本身有耳毒性和肾毒性。如果存在应用链霉素的禁忌，也可以选择氯霉素、四环素类、三代头孢菌素以及氟喹诺酮类的药物。
如果患者存在中枢神经系统的感染，一般首选氯霉素，但氯霉素本身有较严重的骨髓抑制，所以也可以应用三代头孢菌素。对于严重的病例，也可以应用药物的联合治疗，比如链霉素可以联合应用四环素类或者联合应用氯霉素。一般患者的疗程，通常需要结合患者感染的部位，如果仅仅是腺病毒的感染，通常10-15天的时间。但如果有中枢神经系统的感染，或者较严重的肺部感染、败血症，患者的疗程还会延长。