新型隐球菌病的治疗方案根据感染部位及患者的免疫防御基础状态不同而不同，所有的中枢神经系统新型隐球菌病及肺外新型隐球菌病均必须进行治疗，治疗主要以一般治疗为主及药物治疗为主。
一、一般治疗
1、降低颅内压：是降低早期病死率的关键，首选甘露醇。
2、纠正电解质紊乱：易发生顽固性低血钾症，注意监测血钾，及时纠正钾离子。
3、支持疗法：免疫力低下者予免疫增强剂治疗。
二、药物治疗
1、两性霉素B及氟尿嘧啶：二者联合用药为中枢神经系统新型隐球菌病的首选治疗，尤其适用于中型、重型患者，以及出现昏迷、失明、颅内神经麻痹和脑积水并发症患者。两性霉素B可有发热、低血钾、肝肾功损害副作用，出现副作用时对症处理。氟尿嘧啶可有食欲不振、恶心、呕吐、腹泻胃肠道反应及骨髓抑制、肝损害和皮疹，对症处理即可。
2、氟康唑：适用于神志不清的新型中枢神经系统新型隐球菌病患者，脑脊液培养阴性后仍需要用药10~12周。单用氟康唑可以使一部分患者治愈，另一部分患者单用只能控制危重症状，不能治愈，需要联合用药。
三、手术治疗
1、脑室腹腔内引流术：对于影像学上提示脑积水并伴有反应迟钝及昏迷的患者适用。
2、剖胸探查术：对于肺部病灶局限、内科治疗效果不佳，以及肺部出现广泛的肺叶实变和大块病变患者，可考虑手术治疗，手术主要以切除炎症病灶为主。