分裂情感性精神障碍的治疗可以分为分裂情感性躁狂的治疗和分裂情感性抑郁的治疗。分裂情感性躁狂的治疗最常用的药物是抗精神病的药物，比如氯丙嗪、舒必利、奥氮平、喹硫平、氯氮平等；心境稳定剂比如锂盐、丙戊酸钠等，对部分的分裂情感性躁狂的患者可以单用也可以合并使用，如果想要快速地控制兴奋也可以加用苯二氮卓类的抗焦虑药，比如氯硝西泮等。分裂情感性抑郁的治疗一般可以单用抗精神病的药物，比如奥氮平、奎硫平、氟哌啶醇等，因为临床用药发现随着抗精神病药物的使用，精神病性症得到改善，患者的抑郁症也会消失。如果精神病性的症状消失后，抑郁症状仍然存在，而且不是由于抗精神病药物的副作用导致的，也可以采用抗抑郁剂来治疗，要小量的起始、逐渐的加量。