幽门螺旋杆菌在中医上属“毒邪”范畴，因此理论上清热解毒的中药对其都是有效的。由于幽门螺旋杆菌自身结构的特性，使其防御能力非常强大，一般中药很难把它清除掉。口服中药讲究辨证，强调整体观念，因此，喝中药只要把身体调理强壮了，就可以把幽门螺杆菌这种邪毒清理出体外，这就要求坚持口服一段时间中药。目前临床上治疗幽门螺杆菌大部分采用的是在四联西药的基础上加服中药，这样可以更快的清除幽门螺杆菌。目前临床上辅助杀灭幽门螺杆菌的中成药有荆花胃康胶丸，其组方中的水团花具有清热作用；金胃泰胶囊，其组方中的黄连，金荞麦具有清热解毒作用。