胆总管囊肿手术后是否还要吃药，取决于手术后是否有相关的症状。如果胆总管囊肿手术后没有任何的症状，只需要定期的复查、随访即可，不需要服用药物治疗。但如果胆总管囊肿手术后出现了相关的症状，如反流性的胆管炎，导致反复出现腹痛、腹胀等等症状，这个情况下需要长期的服用一些利胆的药物用来缓解症状。
如果在利胆的药物治疗下症状仍然无法缓解，则需要考虑进一步的手术治疗，以缓解反流性胆管炎的症状。因为返流性的胆管炎反复发作的话，在后期可能会有小概率癌变的风险，引起肝内胆管癌的发生。因为持续的胃肠消化液以及食物反流到胆管内，会引起胆管壁的刺激增厚，长期的刺激有可能会出现癌变的风险，所以建议要继续的进行手术治疗。