治疗肛瘘的主要方法是手术治疗，只有手术治疗才能使肛瘘治愈而且越早手术越好。
手术的方法是找到肛瘘的原方内口、管道、支管、死腔，将其内的坏死组织清除干净并建立通畅的创面引流，使瘘管变得越来越浅并逐渐愈合。
手术中力求不严重损伤肛门括约肌，保留肛门括约肌及正常肛门功能，避免造成肛门失禁，主要手术术式有肛瘘切开术、肛瘘切除术、挂线疗法以及保留括约肌术式、生物蛋白胶封堵术、LIFT瘘管结扎术等。