对于较小、位置表浅的扁桃体结石，可以采用咽拭子、长棉签或者压舌板来擦除结石，位于扁桃体的比较容易看到的小结石，还可以采用枪状镊子或者喉异物钳将其取出来，同时可以采用吸引器，通过负压吸引的方法将扁桃体腺管内的小结石抽取出来。
同时建议病人用生理盐水或者漱口液反复漱口，可以消除扁桃体周围的炎症，帮助扁桃体结石的自行排出。对于比较大的结石，可以在表面麻醉或者局部麻醉下，切开扁桃体黏膜后将结石取出。
非常顽固、比较大的扁桃体结石需要做扁桃体切除术，彻底清除这种病灶。