抗生素导致的肠炎主要可以采取以下措施进行治疗：
1、立即终止所用的抗菌药物。
2、可以输入血浆白蛋白或者全血，及时静脉补充足量的液体和钾盐等。补液量要根据失水的程度决定，或者口服葡萄糖盐水，以补偿氯化钠的丢失，纠正电解质失衡及代谢性酸中毒。如果出现低血压，可以在补充血容量的基础上使用血管活性药物。
3、甲硝唑是治疗本病的首选药物，一般是口服用药，治疗效果良好，用药后两天发热、腹泻就可缓解。腹泻一般在一周内消失，治疗后72小时内粪中已检测不到毒素。重症病例频繁呕吐时可以静脉滴注，但效果低于口服用药，用药期间禁止喝酒。
4、如果使用甲硝唑后有副作用，或者疾病出现复发，可口服万古霉素治疗。
5、杆菌肽对革兰氏阳性菌有抗菌作用，可以口服治疗本病，但杆菌肽的肾毒和耳毒性发生率较高，不宜注射给药。
6、消胆胺能与毒素结合，减少毒素吸收，促进回肠末端对胆盐的吸收，改善腹泻症状。
7、严重病例可以口服乳酸杆菌制剂、维生素C、乳糖、蜂蜜、麦芽糖等扶植大肠杆菌，口服叶酸、复合维生素B、谷氨酸、维生素B2以扶植肠球菌。
8、如果是爆发性病例，内科治疗无效，而病变主要集中在结肠，或者有显著的肠梗阻、中毒性巨结肠、肠穿孔时，可考虑行结肠切除或者回肠造口术。