小儿推拿是相对比较安全的，对孩子没有副作用，是纯绿色疗法。小儿推拿见效慢，只适用轻症、恢复期患者，如果急症患者易耽误病情，延误治疗。
小儿推拿的不良后果主要在于如果出现操作不当或者力度过重，会导致孩子身体皮肤受到伤害，严重者还可对骨骼造成严重损伤，如果是感染引起的容易耽误病情。
推拿时如果孩子吃的太饱容易出现呕吐，推拿过程中如果不注意保暖容易出现受凉，捏脊时患儿会因疼痛而出现哭闹。
如果有实质性脏器的疾病，若采取推拿可能会加重病情，严重者可对生命造成威胁，如果选择推拿治疗建议找正规的有经验、有资质的推拿师来给孩子做治疗。