包皮龟头炎的治疗基本原则是抗菌消炎及内外兼治，可以根据不同的致病病原微生物，选用不同的药物进行处理。对于包皮龟头炎，常见的致病病原体包括白色念珠菌、支原体、衣原体、滴虫和各种细菌，通常要针对病原微生物来选择用药。
对于滴虫性包皮龟头炎，可以口服甲硝唑，外用乳酸、醋酸和高锰酸钾溶液进行清洗。对于白色念珠菌性包皮龟头炎，可以口服伊曲康唑和曲古霉素，外用的药物包括碳酸氢钠溶液和咪唑类软膏。对于细菌引起的包皮龟头炎，通常选用的是针对革兰氏阳性球菌的抗菌素口服，然后外用雷夫诺尔溶液和硼酸水进行清洗。