流行性出血热的主要传染源是鼠类，据国内不完全统计，有170多种脊椎动物能自然感染汉坦病毒，我国发现53种动物携带本病毒，主要储存宿主为啮齿类，其他动物包括猫、猪、犬和兔等，在我国以黑线姬鼠、褐家鼠为主要宿主动物和传染源，林区则以大林姬鼠为主。肾综合征出血热患者早期的血液和尿液中，可以携带出血热病毒，虽然有接触后发病的个别病例报道，但人不是主要的传染源。
流行性出血热的传播途径，主要包括呼吸道传播、消化道传播、接触传播、垂直传播、虫媒传播。呼吸道传播是鼠类携带病毒的排泄物，如尿、粪、唾液等污染尘埃后形成气溶胶，能通过呼吸道而感染人体；消化道传播是指进食鼠类携带病毒的排泄物污染的食物，可经口腔或胃肠道黏膜感染；接触传播是指被鼠咬伤，或破损伤口接触带病毒的鼠类排泄物、血液可导致感染；垂直传播是指孕妇感染本病后，病毒可以经胎盘感染胎儿。