肛瘘手术的恢复时间一般较长。根据瘘管的部位和性质，恢复的情况各有不同。低位肛瘘或单纯性肛瘘，一般术后三周到一个月左右。高位肛瘘或复杂性肛瘘，术后恢复时间一般在一个月到一个半月。为了促进创面愈合，术后可以用中药熏洗或温水坐浴，创面予痔疮膏外涂，后期也可以使用生物因子促进肉芽组织生长。同时，注意饮食起居，忌辛辣刺激食物，忌烟酒之品，忌熬夜劳累。