肛瘘的患者主要是表现为瘘口处有不同性质的分泌物，如脓性，血性或者粘液性质的，由于这些分泌物长期的刺激，可以造成肛周皮肤的改变，出现潮湿，瘙痒，还可以形成肛周湿疹，位置较高的肛瘘，如果瘘口较大，还有可能出现无意识的排便和排气，如果形成脓肿，还可以出现发热，寒战，全身肌肉，关节酸痛，乏力等感染的症状。这时候可以在肛周触及红肿的包块，表浅的还可以出现波动感。