小腿肌间静脉血栓可以通过抗凝治疗，住院期间注射低分子肝素，同时要明确肌间隙血栓是否有肺栓塞的存在，临床上很多肌间隙血栓是因为主干深静脉血栓已经发生脱落，因此一定要进行肺动脉CTA的筛查，明确是否有肺栓塞。
如果有肺栓塞，要给予介入下肺动脉置管溶栓来治疗，同时出院后要口服抗凝药物3-6月，定期复查肺动脉CTA及下肢静脉彩超，明确是否肺栓塞消失，以及肌间隙血栓消失。如果肺栓塞未消失，要将抗凝时间延长到6-12月。如果肌间隙血栓不伴有肺栓塞，出院后口服抗凝药物1-2月即可，大部分血栓可以消失。