泌尿系感染发生的原因，常由于包皮龟头炎导致包皮龟头藏污纳垢。包皮垢、各种致病菌沿尿道逆行感染，形成尿道炎和前列腺炎。当尿道和前列腺炎症传染给对方时，会引起对方的泌尿系感染和对方的妇科炎症。泌尿系感染还有血行感染所致，如肺结核引起肾结核，就是通过血行感染引起泌尿系感染。
除此之外，泌尿系感染还由于自身抵抗力较弱时，如大量使用免疫抑制剂后，会出现致病菌，正常菌群失调引起泌尿系感染发生。