早上起来腰疼可能有以下几种原因：
1、强直性脊柱炎可以出现腰痛，一般以腰骶部为首发，逐渐向上蔓延。在晨起时腰疼比较明显，可以在晨起时有腰背僵硬的感觉，在活动一会之后能有好转。这时要进行相关的血化验以及X线片、CT检查能够确诊。
2、腰肌劳损和筋膜炎时也可以出现晨起时腰疼的厉害，在活动一会之后疼痛有所好转，要进行CT或者腰椎核磁检查，排除其他疾病进行诊断，常见于长期弯腰工作或者久坐、着凉的病人。
3、类风湿性脊柱炎，当类风湿累及脊柱时可以出现腰疼，在晨起时疼痛加重，也可以伴有晨僵的症状，这时进行血化验及X线片、CT检查进一步的确诊和治疗。