不适合吃褪黑素的人群主要包括肝功能不全、肾功能不全、妊娠期的女性、患有心脑血管疾病、对酒精过敏以及青少年、儿童和婴幼儿。褪黑素虽然是属于保健品，具有调节大脑的生物钟的作用，但是并不适合所有的人群，所以使用不当会引起不良反应。上述人群尽量避免使用褪黑素，因为褪黑素对肝肾功能有一定的影响，对怀孕期的女性也有影响，因为它会影响激素水平变化。
同时，对于一些抑郁症的患者，也尽量不要吃褪黑素，长期服用会导致抑郁症加重。所以平时尽量用食用新鲜的水果、蔬菜，避免吃生冷、刺激的食物。除此之外，还要保证良好的睡眠习惯，白天适当的运动，这样才能达到最佳的睡眠状态，从而不用褪黑素。