肺毛霉病是由毛霉菌目真菌类的接合菌感染引起的，通过外源性、内源性的途径，感染呼吸系统。免疫力低下、有糖尿病等基础疾病往往也是患者患病的原因。
毛霉菌为机会致病菌，广泛存在于大自然中。当机体免疫力低下时，通过鼻腔和口腔进入上呼吸道、支气管和肺泡，由于免疫低下导致吞噬细胞无法吞噬病原体，使毛霉菌寄植于肺部，引起炎症。