膝关节的囊肿不能够自愈，膝关节囊肿常是由于膝关节的局部创伤而导致，比如膝关节的韧带或者是腘窝处有损伤而导致囊肿，也可以是由于骨性关节炎等疾病继发的囊肿。膝关节的囊肿多数不能够自愈，随着病情的进展会逐渐的增大，要长期进行手术治疗。
腘窝的囊肿最为常见，手术的机会比较大。而对于膝关节内韧带的囊肿，一部分的病人能够自行消失，消失的原因不明。如果膝关节关节腔内的囊肿没有症状，可以进行保守治疗。对于腘窝的囊肿，如果能够触摸到囊肿的存在，有疼痛感以及影响关节活动，要考虑手术治疗。