华支睾吸虫病的治疗方法主要是药物治疗及手术治疗。
一、药物治疗
1、吡喹酮：是本病的首选药物，具有疗效高、毒性低、反应轻，在体内吸收、代谢、排泄快等优点。此药物的不良反应一般轻微而短暂，但当胆管内华支睾吸虫被大量驱出时，有时可引起胆绞痛或慢性胆囊炎急性发作，虫卵阴转率几乎达100%。
2、阿苯达唑：又名肠虫清，对本病亦有较好疗效，虫卵阴转率可达95%以上。少数患者使用期间有口干、乏力、思睡、头晕、头痛以及恶心、上腹不适等症状。
二、手术治疗
患者并发急性或慢性胆囊炎、胆石症或胆道梗阻时，先给予手术治疗，再进行驱虫治疗。