黄连素的主要成分为盐酸小檗碱，具有一定的抑菌作用，临床常用于感染性、急性肠炎的治疗。因此，对于慢性腹泻的患者，不建议常规服用黄连素等抗生素类的药物进行治疗。
慢性腹泻俗称慢性肠炎，多由肠易激综合征等功能性肠病所致。患者出现反复腹泻，同时伴腹痛、腹胀等腹部不适症状，腹痛、腹胀可于排便后明显缓解，此时多由于肠易激综合症导致。肠易激综合征发病机制不清，目前考虑可能与精神因素以及肠道菌群失调等因素密切相关。发生上述慢性腹泻症状时，患者首先注意饮食，尽量食用温热、稀软、易消化的食物。腹泻明显时首选肠道益生菌进行对症治疗，腹痛等不适症状明显时，建议口服匹维溴铵片等肠道动力调节药物对症治疗。
建议患者吃低脂、少纤维的食物，不应吃油炸、生冷、坚硬及变质食物，不喝酒，不吃辛辣、刺激的食物，多喝水，规律饮食，多注意休息。