肛瘘如果诊断明确，需要手术治疗才能治愈。手术切口的愈合时间，需要结合手术方式而定。低位肛瘘大多行肛瘘一次性切开术，切口开放、引流通畅，愈合时间相对较快，大约需要两周左右。高位肛瘘或复杂性肛瘘愈合时间会有所延长，一般需要3-4周，甚至时间更长，影响肛瘘手术的愈合因素有以下几方面：
一、年龄，随着年龄增加，人体组织增生、再生能力减弱，明显影响创面愈合速度。
二、伤口引流不畅和感染时渗出物很多，不但会影响伤口愈合，感染扩散还会导致扩大伤口。
三、熏洗不当，熏洗伤口过勤或使用药物不正确，使伤口肉芽组织水肿、过度增生，均影响伤口的愈合，因为熏洗过勤导致伤口愈合缓慢的患者大有人在。
四、局部血液循环良好，可以保证组织再生所需要的氧和营养，促进坏死物质吸收。
五、糖尿病患者血糖增高，同时伴有血管病变会影响伤口愈合。
六、吸烟者血液循环中一氧化碳和血红蛋白结合，降低了对氧的运输能力，尼古丁会使周围血管收缩，影响伤口愈合。