脑栓塞的患者如果在4.5个小时之内，可以进行静脉溶栓治疗，常用的是阿替普酶溶栓，也可以使用动脉取栓治疗，是目前治疗脑栓塞患者最积极的方法。
如果超过了时间窗，不能进行溶栓或者取栓治疗，应该使用抗血小板药，常用的有阿司匹林或者氯吡格雷，同时要口服他汀类的药物抗动脉粥样硬化，常用的是阿托伐他汀或者瑞舒伐他汀。如果脑栓塞的患者栓子来源是心脏，要注意除外是否有房颤，房颤的患者建议口服抗凝药治疗，如华法林或者新型口服抗凝药，如达比加群或者利伐沙班。