卵巢巧克力囊肿的手术一般包括三类，最常见的是卵巢巧克力囊肿剥除术，属于保守性手术，可以保留生育能力，但是容易复发。卵巢巧克力囊肿剥除联合子宫切除术，属于半根治性手术，子宫切除之后卵巢巧克力囊肿复发的概率大大降低，但是丧失了生育的能力，不过保留了卵巢，还有卵巢功能，不影响雌激素、孕激素分泌。全子宫加双附件切除，是根治性手术，术后不会再复发，但是不仅丧失了生育能力，也丧失了卵巢功能，个别女性会有较严重的更年期综合征，甚至有更年期的骨质疏松。所以三类手术要权衡利弊做出选择，要根据病人对生育的要求以及疾病的严重程度做出选择。