腘窝囊肿根据病因，通常将其分为原发性与继发性两种，原发性腘窝囊肿病因尚不十分清楚。继发性腘窝囊肿多发生于关节内疾病，本病好发于男性儿童、中老年骨关节炎患者及运动员，通常在运动损伤后诱发。
一、主要病因
1、原发性腘窝囊肿：多见于儿童，原因尚不清楚。
2、继发性腘窝囊肿：见于成人，目前认为多数腘窝囊肿继发于关节内疾病，如半月板损伤、前交叉韧带损伤、关节内感染及创伤、骨性关节炎、类风湿关节炎等。关于其发病机制较为广泛的观点是单向流通的阀门机制，发病的关节内压力增高，关节内液体经关节与滑囊间的孔道溢出而形成囊肿。
二、诱发因素
运动损伤后容易导致关节内压力增高，关节内液体经关节与滑囊间的孔道溢出，而形成腘窝囊肿。