自由生活阿米巴脑部感染需要短期药物治疗，临床上常用药物包括两性霉素B、利福平以及丙烷脒、戊烷脒等双脒类衍生物。
一、药物治疗
1、两性霉素B：两性霉素B是从链霉菌的培养液中分离而得的一类多烯类抗真菌药，通过影响细胞膜通透性发挥抑制真菌生长的作用，研究显示对自由生活阿米巴引起的中枢神经系统感染，用两性霉素B静脉给药，可缓解临床症状，但死亡率仍在95%以上。
2、利福平：是一种所属利福霉素家族的一种广谱抗生素药物，对结核杆菌有较强抗菌作用，对革兰氏阳性或阴性细菌、病毒等也有疗效。不良反应消化道反应最为多见，口服该品后可出现厌食、恶心、呕吐、上腹部不适、腹泻等胃肠道反应，利福平还可以用于治疗自由生活阿米巴脑部感染。
3、戊双脒：戊双脒本用于治疗利什曼原虫感染，能杀灭利什曼原虫，部分肉芽肿性阿米巴脑炎可试用双脒类衍生物如丙烷脒、戊烷脒等。
二、手术治疗
本病无需进行手术治疗。