卵巢早衰的发病机制尚不明确，目前仍无有效的方法恢复卵巢的功能。激素补充治疗，不仅可以缓解低雌激素症状，而且对心血管疾病和骨质疏松症起到预防的作用。如果没有禁忌症，卵巢早衰的患者应给予激素补充治疗。
由于诊断卵巢早衰后仍有妊娠的概率，对有避孕需求的患者可以考虑激素补充治疗，辅助其他避孕措施，或应用复方短效口服避孕药。有生育要求的女性，则应用天然雌激素和孕激素补充治疗。对于卵巢早衰的患者，如果还想要宝宝，可以通过辅助生殖技术来进行治疗。