蛋白尿治疗的方法需要根据蛋白尿产生的原因而定：
常见原因为肾脏疾病，如慢性肾炎、糖尿病肾病、高血压肾病、狼疮性肾炎等，需要给予降蛋白尿药物，如ACEI类、ARB类，中药黄葵、雷公藤等，同时控制血压、血糖、血脂，或采用激素、免疫抑制剂，如他克莫司、环磷酰胺等。
蛋白尿还可见于泌尿系统感染，给予抗感染治疗，感染控制后蛋白尿可消退。如为发热、运动等引起临时性蛋白尿升高，不需要治疗，原因解除后蛋白尿可自行缓解。
少数药物也可出现蛋白尿，需停药观察，必要时给予对症处理，蛋白尿产生原因较多，有蛋白尿时需明确病因，有针对性治疗，效果更佳。