极长链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症的治疗主要是以避免空腹、感染和疲劳，另外营养治疗也非常重要，应该给予高碳水化合物、低脂、补充中链三酰甘油的饮食，对症处理及预防其并发症。
一、一般治疗
对症治疗：当患者出现症状时及时采取措施，如出现低血糖时，立即给予其葡萄糖水等含糖食物纠正低血糖。合并心肌损害者，选择合适的抗心律失常药物，规律治疗。同时还应补充水分、碱化尿液等以保护肾功能。
二、药物治疗
1、左卡尼汀：主要针对合并继发性肉碱缺乏症的患者，为了防止过量，应予以小剂量补充左卡尼汀，从而使血液游离肉碱维持在正常水平，以达到改善患者的心功能，稳定代谢状况的效果。
2、苯扎贝特：苯扎贝特是过氧化物酶体增殖激活受体的激活剂，可通过刺激ACADVL基因表达而增强极长链酰基辅酶A脱氢酶残余酶活性，提高患儿皮肤成纤维细胞脂肪酸氧化能力。
三、手术治疗
此病一般无需进行手术治疗。
四、其他治疗
患者应合理饮食，补充中链脂肪酸，饮食结构应以碳水化合物为主，减少脂肪尤其是长链脂肪酸摄入，增加中链脂肪酸的摄入，并且同时要为患儿提供足够的蛋白质以及维生素等营养素。心肌病型患儿，中链脂肪酸的比例应占总脂肪摄入的90%。因此，1岁以内患儿宜选用最富含中链脂肪酸的配方奶，1岁后应限制长链脂肪酸摄入不超总热量10%。