1、胃镜检查：可直接观察溃疡的大小、形态、数目及部位，并做病理学和幽门螺杆菌检查，是确诊此病最有价值的方法。
2、X线钡餐造影：X线钡餐造影阳性发现率约50%。通过检查可以确定是否存在吻合口变形、狭窄、吻合口输出袢畸形，胃排空是否延迟等。如果存在上述现象可以确定疾病。
3、胃泌素测定：血清胃泌素＞500ng/L则可能为胃泌素瘤、胃窦部G细胞增生症或胃窦黏膜残留，需进一步做钙激发试验或促胰液素激发试验。如血清胃泌素＞1000ng/L则可确诊为胃泌素瘤。
4、胃液分析：吻合口溃疡病人的基础胃酸排出量(BAO)和最大胃酸排出量(MAO)均明显增高，一般最大胃酸排出量6mmol/h，若基础胃酸排出量>15mmol/h，则有利于吻合口溃疡的诊断。
5、纤光胃镜：内镜是唯一能直接观察吻合口溃疡的检查方法，诊断正确率达90％，也是诊断吻合口溃疡的首选方法。在有些病例胃镜可能通过空肠输入袢进入十二指肠残端进行检查和活检，可证明有无胃窦黏膜残留。
6、组织病理活检：若溃疡在十二指肠或空肠无需进行活检，因消化性溃疡胃部分切除20年残胃癌发病率增高，所以吻合口溃疡如在胃则应做活检。