儿童川崎病绝大多数能治好。儿童川崎病的预后多与孩子心血管系统受累的严重程度有关。其治疗主要给予阿司匹林、丙种球蛋白、肾上腺皮质激素等药物治疗，以防治孩子出现动脉炎及冠状动脉病变。但在疾病的急性期，大约有30-50%的孩子可出现心脏炎、冠状动脉扩张或冠状动脉瘤。大多数伴心脏炎的孩子，多在病后2个月左右能自行恢复，但也有个别孩子会死于心脏炎。冠状动脉扩张多于病后半年左右缩小或恢复，而冠状动脉瘤则在病后1-2年内才能恢复或缩小。个别伴有巨大冠状动脉瘤的孩子，可能需要行手术治疗，也可能会因心肌梗塞或动脉瘤破裂死亡。对于经治疗处于恢复期的孩子，还应每隔3-6个月随访1次，2年后每年复查1次。