生理性的卵巢囊肿最常见的是卵巢的黄体囊肿，当卵巢在排卵之后，余下的部分形成黄体。这种黄体会有少量出血，使卵泡内部的压力增大，当压力持续性增高的时候，局部就形成了囊性肿物，这就是生理性卵巢囊肿形成最常见的原因。
生理性的卵巢囊肿直径常常不会大于5cm，常常发生在排卵期之后，而且在月经干净后囊肿会逐渐缩小或者是消失，在临床上不会有任何不舒适和临床症状，也不需要治疗。在临床上由于黄体内压力增大，出血增多或者是外力的作用，个别人会在月经周期的最后一个星期出现黄体破裂。在临床上表现为急性的下腹部疼痛，有内出血，这种情况常常需要依据出血的量和血液动力学的情况来选择治疗，它是一种急腹症。