甲状舌管囊肿是指在胚胎早期甲状腺发育过程中，甲状舌管退化不全、不消失，而在颈部遗留形成的先天性囊肿。甲状舌管囊肿一经确诊，除感染期外，为避免下一次感染及性质改变，都应该尽早行手术切除，手术彻底切除囊肿、瘘管是根治甲状舌管囊肿、瘘管的主要方法。由于囊肿及瘘管同舌骨体的密切关系，手术时应切除与之相连的舌骨体中份，以防止复发。
甲状舌管囊肿极少癌变，若为囊肿癌变，伴有颈淋巴结转移时，则需行颈淋巴结清扫术。术后病理类型为乳头状癌或滤泡状癌者，可采用甲状腺素抑制治疗，如为鳞状细胞癌，则术后可行放射治疗。甲状舌管囊肿的发生与性别无显著关系，男女均可发生，可发生于任何年龄，但以30岁以下青少年为多见。若不确定，可进行B超、甲状腺扫描等检查，以同甲状腺疾病鉴别。