尖锐湿疣在潜伏期时很难检查出来，因为医生经常会通过仔细观察患者的生殖器和肛门区域来辨认尖锐湿疣。如果存在肉眼可见的尖锐湿疣，通常不需要更多的检测来决定诊断。虽然尖锐湿疣是由于感染人乳头瘤病变引起的传染病，但是国际上不推荐使用人乳头瘤病变的分子生物学检测来诊断尖锐湿疣，因为检测结果并不确定，也不能指导尖锐湿疣的治疗。
另外目前无法仅通过醋酸白试验或者人乳头瘤病变病毒的DNA检测来诊断人乳头瘤病变亚临床感染。当出现以下情况时应及时就诊和评估，生殖器或者肛门周围出现异常增生、颗粒、疙瘩，排尿时有灼热感、疼痛、出血，女性阴道有异常分泌物，气味难闻，男性的阴茎有异常分泌物。