卵巢早衰的发病原因目前不是十分的明确，主要有以下几种因素：
第一、遗传因素，有20%-25%的早发性卵巢功能不全的患者，会出现染色体的异常和基因的突变。
第二、除了遗传的因素之外，还包括医源性的因素，包括手术、放疗和化疗，手术引起卵巢组织缺损或局部炎症，放疗、化疗可诱导卵母细胞凋亡或破坏颗粒细胞的功能。
第三、免疫、环境及其它的因素，自身免疫失调可能造成卵巢功能损伤，其中自身免疫性甲状腺疾病、艾迪森病与早发性卵巢功能不全的关系最为密切，不良环境、不良生活习惯及嗜好也可能影响卵巢的功能。