胃切除后吸收不良综合征的主要治疗方式是药物治疗，抑制肠腔内细菌生长、纠正胰岛功能不足、补充维生素。当药物治疗无效或者合并其他胃切除术的并发症时，可行手术矫正。
一、药物治疗
1、抗生素：小肠存在细菌感染时，影响营养吸收，而抗生素能有效地控制需氧和厌氧菌群，并能纠正吸收不良。代表药物有头孢哌酮钠、左氧氟沙星、甲硝唑注射液。
2、维生素：包括补充维生素B12、维生素A、维生素D、维生素E等，以满足因吸收不足带来的维生素缺乏。
3、胰酶制剂：适用于术后胰腺功能不全的患者，补充纠正胰腺功能相对不足。具有促消化、增进食欲的功能，过敏者禁用。
二、手术治疗
1、手术指征：包括：输入襻综合征、胃空肠结肠瘘、胃回肠错位吻合、无特殊原因的胃切除后吸收不良药物治疗无效者。
2、术式选择：
（1）BillrothⅡ改为BillrothⅠ，两种均为胃切除的手术方式，两种手术方式切除的胃及缝合方式不一样，由于BillrothⅡ改为BillrothⅠ后病人粪便脂肪丢失、维生素B吸收不良和小肠腔内细菌滋生可得到纠正。因此，对于拟进行胃大部切除的患者，如果病情允许，选择BillrothⅠ可减少该疾病发生。
（2）胃十二指肠之间顺蠕动、或逆蠕动间置一空肠段恢复胃十二指肠通道。实验证明间置空肠术后病人粪便脂肪排出量明显低于常规胃切除后胃十二指肠或胃空肠吻合；与常规胃切除后BillrothⅠ；BillrotnⅡ病人相比，胃切除后胃十二指肠之间间置空肠术后病人体重增加。