滁州市三甲医院有滁州市第一人民医院、滁州市中西医结合医院等。滁州市第一人民医院是皖东地区规模最大、综合实力最强的三级甲等综合性医院，承担临床医疗、医学教育、医学科研、预防保健等任务。 滁州市中西医结合医院是安徽省唯一一所三级甲等中西医结合医院，脑病科、心血管科既是国家级也是省级中医重点专科，肿瘤科、骨伤科、针灸推拿科、肛肠科、内分泌科是省级（临床）重点专科，呼吸与急危重症学科是省级中医优势特色专科，风湿免疫、中医男科等7个专科是市级临床（中医特色）重点专科。