莆田三甲医院有莆田市第一医院、莆田学院附属医院等。 其中莆田市第一医院是一所集医、教、研、防、康、急救、保健一体的现代化三甲综合医院，近年来先后荣获全国综合医院中医药工作示范单位、全国创建平安医院活动表现突出集体、福建省抗击新冠肺炎疫情先进集体等荣誉称号，能开展各类颅脑外科手术、全耳廓再造术、复杂先天性心脏病手术等多项高难度治疗项目，部分技术填补了市内空白，处于省内、国内先进水平。 莆田学院附属医院是福建省最早的医院之一，微创脊柱外科为福建省临床医学研究中心，拥有骨科、呼吸与危重症医学科、心血管内科、胃肠外科、医学检验科、儿科6个福建省重点专科，乳腺外科、神经内科、肾内科、康复医学科等9个莆田市重点学科，年手术量居莆田市之首。