泉州市最好的医院是福建医科大学附属第二医院、泉州市第一医院、泉州市中医院等。福建医科大学附属第二医院是福建省首批通过卫生部评审的三甲综合医院之一，是福建省主要的医、教、研基地之一，是国家省级区域医疗中心、福建省呼吸医学中心，历来以外科技术精湛著称，率先在泉州地区开展大、中型外科手术。泉州市第一医院是福建省南部省级区域医疗中心，是泉州市心血管病中心、泉州市肿瘤中心挂靠单位，是福建省儿童医疗救治泉州分中心。泉州市中医院是集医、教、研、防、保健为一体的三甲中医医院和泉台中医交流中心，是泉州市西南片区唯一三甲医院，硬件条件也是全省中医医院中首屈一指的，在针灸科、脑病科等方面优势突出。