鄂尔多斯三甲医院有鄂尔多斯市中心医院、鄂尔多斯市蒙医医院、准格尔旗中心医院等。其中鄂尔多斯市中心医院是内蒙古医科大学临床医学院，成立了内蒙古自治区超声影像研究所，是自治区超声质量控制中心，拥有国家级临床重点建设专科重症医学科和自治区领先学科超声医学科；鄂尔多斯市蒙医医院在临床治疗方面，以蒙医治疗为基础，采用能蒙不西、先蒙后西、蒙西医结合的方式，并配合蒙医传统疗术治疗各类慢性病及疑难杂症；准格尔旗中心医院是一所集医疗、预防保健、科研教学、体检、职业病诊查和计划生育指导为一体的综合医院。