奥硝唑对肠炎有一定效果，奥硝唑主要是对厌氧菌感染有效。所以在怀疑有细菌或不洁食物摄入，导致肠道炎症反应、白细胞升高、体温下降、腹泻及排便有黏液物时，可以考虑加用奥硝唑。虽然奥硝唑副作用较少，疗效相对肯定，但临床上很少单独使用奥硝唑。因为肠道菌群含有厌氧菌的比例不高，发作频次也不高。

在感染比较重时，很少单独使用奥硝唑治疗肠炎，而是联合其它广谱抗生素进行肠炎的治疗。奥硝唑对肠炎有确切疗效，但也要看浓度是否足够。如果浓度不够，对肠道炎症的治疗效果可能忽好忽差，使肠炎的修复中断。