不同炎症性疾病中C反应蛋白变化存在差异，克罗恩病是一种肠道非特异性炎症反应疾病，所以C反应蛋白在克罗恩病中的应用，主要作为评估克罗恩病疾病活动期辅助指标。

C反应蛋白是在机体受到感染或组织损伤时，血浆中急剧上升蛋白质。临床经常把C反应蛋白检测作为一种炎症感染评估指标，其作为急性反应蛋白，已被临床广泛应用于评估各种炎症性疾病活动期。此外，小肠病变C反应蛋白升高，显著低于结肠类型克罗恩病。